太田痣的发病原因是：黑素细胞或前体在向表皮移行过程中，停滞于局部才导致的。

　　太田痣的发病机制是：黑素细胞一般在真皮中部，可能累及皮下组织或真皮上部，黑素细胞数目比较多，在病变的隆起处，很多胞体伸长显示梭形散在分布于真皮胶原纤维之间，一小部分的病变中可见噬黑素细胞病变，累及眼部者除皮肤组织外，其他组织包括深部的骨膜，也能见到黑素细胞浸润。

　　太田痣有可能是：常染色体显性遗传，但也有不同意见，太田痣皮损多分布在三叉神经，第一二支区域，伊藤痣分布在后臂外侧神经和锁骨上神经支配地方，神经分布的特点提示黑素细胞也许来源于局部的神经组织。